Folding@Home: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
м (источник неправильного написания названия дистрибутива, в т.ч. и в википедии)
 
(не показано 5 промежуточных версий этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
=Установка ПО Folding@Home в Alt linux.=
=Установка ПО Folding@Home в Alt linux.=


[http://folding.stanford.edu Folding@Home] — проект распределённых вычислений поведения белковых молекул для решения теоретических задач биохимии человека. В рамках Folding@Home изучаются биохимические механизмы нескольких болезней. Сайт проекта предлагает всем желающим выполнять этапы расчётов на своём компьютере или смартфоне. Существуют версии под GNU/Linux, но только для Debian/Ubuntu  и RedHat/Centos/Fedora. Установка в Alt linux имеет свои особенности.
[https://foldingathome.org/ Folding@Home] — проект распределённых вычислений поведения белковых молекул для решения теоретических задач биохимии человека. В рамках Folding@Home изучаются биохимические механизмы нескольких болезней, в т.ч. COVID-19, болезни Альцгеймера и Паркинсона. Сайт проекта предлагает всем желающим выполнять этапы расчётов на своём компьютере или смартфоне. Существуют версии под GNU/Linux, но только для Debian/Ubuntu  и RedHat/Centos/Fedora. Установка в Alt linux имеет свои особенности.


===1. Загружаем RPM-пакеты.===
===1. Загружаем RPM-пакеты.===
Строка 9: Строка 9:
# fahviewer — программа визуализации (практического смысла не имеет).
# fahviewer — программа визуализации (практического смысла не имеет).


На странице [http://folding.stanford.edu/home/guide/linux-install-guide/ Linux Install Guide] указаны три команды загрузки. Из этих команд нам нужны только URI пакетов, точные ссылки для версии 7.4.4-1 для платформы x86-86:
На странице [https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/linux/manual-installation-advanced/ Linux Install Guide] указаны три команды загрузки. Из этих команд нам нужны только URI пакетов, точные ссылки для версии 7.4.4-1 для платформы x86-86:
: https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahclient/centos-5.3-64bit/v7.4/fahclient-7.4.4-1.x86_64.rpm
: https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahclient/centos-6.7-64bit/v7.6/fahclient-7.6.21-1.x86_64.rpm
: https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahcontrol/centos-5.3-64bit/v7.4/fahcontrol-7.4.4-1.noarch.rpm
: https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahcontrol/centos-6.7-64bit/v7.6/fahcontrol-7.6.21-1.noarch.rpm
: https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahviewer/centos-5.3-64bit/v7.4/fahviewer-7.4.4-1.x86_64.rpm
: https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahviewer/centos-6.7-64bit/v7.6/fahviewer-7.6.21-1.x86_64.rpm
Необходимы только две первые.
Необходимы только две первые.


Для других версий достаточно найти свежие пакеты *.rpm для своей платформы в https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahclient/ и https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahcontrol/ (и в https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahviewer/, если нравятся картинки молекул).
Для других версий достаточно найти свежие пакеты *.rpm для своей платформы в https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahclient/ и https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahcontrol/ (и в https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahviewer/, если нравятся картинки молекул).


===2. Устанавливаем.===
===2. Устанавливаем.===
Строка 42: Строка 42:


Запустите fahcontrol либо из командной строки (/usr/bin/FAHControl), либо из меню "Приложения" (он в разделе "Образование").
Запустите fahcontrol либо из командной строки (/usr/bin/FAHControl), либо из меню "Приложения" (он в разделе "Образование").
Дальше кликните "Configure" и настраивайте. [http://folding.stanford.edu/home/guide/configuration-guide/ Инструкция] на сайте.
Дальше кликните "Configure" и настраивайте. [https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/configuration-guide/ Инструкция] на сайте.


В расчёте можно использовать ресурсы (GPU) видеокарты (и даже нужно, потому что это эффективнее), для этого нужно его включить в настройке на вкладке "Slots". Например, чтобы использовать и CPU, и GPU, добавьте слот и измените его, переключив на GPU.
В расчёте можно использовать ресурсы (GPU) видеокарты (и даже нужно, потому что это эффективнее), для этого нужно его включить в настройке на вкладке "Slots". Например, чтобы использовать и CPU, и GPU, добавьте слот и измените его, переключив на GPU.
Строка 48: Строка 48:
Чтобы можно было меряться "попугаями" в окне Configure на вкладке "Identity" задайте (произвольный) ник. Чтобы получать более сложные задания (и заработать больше очков), зарегистрируйтесь на сайте проекта, ссылка есть в FAHControl в окне configure на вкладке "Identity", затем на той же вкладке введите полученный ключ-пароль (passkey).
Чтобы можно было меряться "попугаями" в окне Configure на вкладке "Identity" задайте (произвольный) ник. Чтобы получать более сложные задания (и заработать больше очков), зарегистрируйтесь на сайте проекта, ссылка есть в FAHControl в окне configure на вкладке "Identity", затем на той же вкладке введите полученный ключ-пароль (passkey).


Среди расчётчиков идёт своебразное соревнование, они объединяются в команды. Русских команд в проекте несколько. Самая активная в этом году — [http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teampage&teamnum=43003 Transhumans], cамая активная за всю историю проекта Folding@Home — [http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teampage&teamnum=47191 TSC! Russia]
Среди расчётчиков идёт своебразное соревнование, они объединяются в команды. Русских команд в проекте несколько. Самая активная в этом году — [https://stats.foldingathome.org/team/43003 Transhumans], cамая активная за всю историю проекта Folding@Home — [https://stats.foldingathome.org/team/47191 TSC! Russia]


[[category:Программное обеспечение]]
[[category:Программное обеспечение]]
{{Category navigation|title=HOWTO|category=HOWTO|sortkey={{SUBPAGENAME}}}}
{{Category navigation|title=HOWTO|category=HOWTO|sortkey={{SUBPAGENAME}}}}

Текущая версия от 16:44, 21 июля 2021

Установка ПО Folding@Home в Alt linux.

Folding@Home — проект распределённых вычислений поведения белковых молекул для решения теоретических задач биохимии человека. В рамках Folding@Home изучаются биохимические механизмы нескольких болезней, в т.ч. COVID-19, болезни Альцгеймера и Паркинсона. Сайт проекта предлагает всем желающим выполнять этапы расчётов на своём компьютере или смартфоне. Существуют версии под GNU/Linux, но только для Debian/Ubuntu и RedHat/Centos/Fedora. Установка в Alt linux имеет свои особенности.

1. Загружаем RPM-пакеты.

Их три:

  1. fahclient — собственно программа ведения расчётов, может работать в режиме демона (основной режим), но может работать и из командной строки;
  2. fahcontrol — программа управления клиентом, она не обязательна (у клиента есть вебинтерфейс), но удобна;
  3. fahviewer — программа визуализации (практического смысла не имеет).

На странице Linux Install Guide указаны три команды загрузки. Из этих команд нам нужны только URI пакетов, точные ссылки для версии 7.4.4-1 для платформы x86-86:

https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahclient/centos-6.7-64bit/v7.6/fahclient-7.6.21-1.x86_64.rpm
https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahcontrol/centos-6.7-64bit/v7.6/fahcontrol-7.6.21-1.noarch.rpm
https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahviewer/centos-6.7-64bit/v7.6/fahviewer-7.6.21-1.x86_64.rpm

Необходимы только две первые.

Для других версий достаточно найти свежие пакеты *.rpm для своей платформы в https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahclient/ и https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahcontrol/ (и в https://download.foldingathome.org/releases/public/release/fahviewer/, если нравятся картинки молекул).

2. Устанавливаем.

Сначала устанавливаем fahcontrol, потом fahclient. Дело в том, что postinstall пакета fahclient запускает демон (выполняет стартовый скрипт /etc/init.d/FAHClient start)

Пакет fahcontrol-7.4.4-1.noarch.rpm зависит от python2.6 и для его работы требуется питоновский модуль sqlite3.

Из-за неразрешимой зависимости необходимо устанавливать пакет с опцией --nodep:

 sudo rpm -i --nodep fahcontrol-7.4.4-1.noarch.rpm

После установки fahcontrol требуется сделать симлинк из библиотеки для python 2.6 в библиотеку для python 2.7:

 sudo ln -s /usr/lib/python2.6/site-packages/fah /usr/lib/python2.7/site-packages/fah

Также нужно установить питоновский модуль для sqlite3:

 sudo apt-get install python-modules-sqlite3


Пакет fahclient-7.4.4-1.x86_64.rpm имеет зависимости от expat, на самом деле ненужную, и bzip-lib2, этот пакет в Altlinux называется bzip2-lib. Этот пакет также нужно устанавливать с --nodep:

sudo rpm -i --nodep fahclient-7.4.4-1.x86_64.rpm

3. Настраиваем.

Запустите fahcontrol либо из командной строки (/usr/bin/FAHControl), либо из меню "Приложения" (он в разделе "Образование"). Дальше кликните "Configure" и настраивайте. Инструкция на сайте.

В расчёте можно использовать ресурсы (GPU) видеокарты (и даже нужно, потому что это эффективнее), для этого нужно его включить в настройке на вкладке "Slots". Например, чтобы использовать и CPU, и GPU, добавьте слот и измените его, переключив на GPU.

Чтобы можно было меряться "попугаями" в окне Configure на вкладке "Identity" задайте (произвольный) ник. Чтобы получать более сложные задания (и заработать больше очков), зарегистрируйтесь на сайте проекта, ссылка есть в FAHControl в окне configure на вкладке "Identity", затем на той же вкладке введите полученный ключ-пароль (passkey).

Среди расчётчиков идёт своебразное соревнование, они объединяются в команды. Русских команд в проекте несколько. Самая активная в этом году — Transhumans, cамая активная за всю историю проекта Folding@Home — TSC! Russia