Загрузчик GRUB и Windows
Положение вещей
У каждой из операционной систем есть свой загрузчик, а у каждого жёсткого диска (область называется MBR) и раздела на диске область, в которую можно этот загрузчик установить.
При загрузке компьютера после завершения работы программы BIOS, происходит (по сути при завершении свой работы, BIOS сам запускает загрузчик) запуск загрузчика с диска (того который указан в BIOS как загружаемый или идущий первый в списке) установленный в загрузочной записи, т.е. в MBR (не с раздела, т.к. BIOS не может видеть таблицу разделов на дисках. Однако в будущих версиях такая возможность будет присутствовать, как например в EFI).
Дальше, в зависимости от того какой загрузчик был загружен (от Windows или Linux) и его настроек (времени ожидания выбора пунктов и т.д.) загружается соответствующая операционная система.
Различия загрузчиков
Понятно и очевидно, загрузчик от Windows больше приспособлен и ориентирован на загрузку самой ОС Windows, чем других операционных систем, поэтому он простой, функций у него мало и они спрятаны от пользователя.
Загрузчик от Linux, имеется ввиду GRUB, более функционален и позиционируется как универсальное средство загрузки различных операционных систем (а их десятки), учитывая их особенности.
Считается проще и логичнее использовать как основной загрузчик GRUB, так как он успешно загружает как Linux так и Windows различных версий.
Обычно, сначала устанавливается на компьютер Windows, при установке система помещает свой загрузчик в область MBR. Во время установки Linux, если вы выберите так же установить загрузчик на диск, загрузчик GRUB перезапишет предыдущий, а в свой файл настроек допишет запись о возможности загрузки Windows, и можно будет потом выбирать при загрузки компьютера, в меню загрузчика какую систему загружать.
Иногда случаются ситуации, когда линуксовый загрузчик вроде бы прописал возможность загрузить windows, но система не загружается, для этого необходимо в консоли от пользователя root выполнить команду:
grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg
утилита сканирует разделы на диске и добавит обнаруженные операционные системы в меню загрузки.