Chemistry

Материал из ALT Linux Wiki

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа).
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.