Chemistry

Материал из ALT Linux Wiki

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • BKChem. Написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит стоит обратить внимание.
  • grace — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus’е
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus’е
  • gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus’е
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.