Chemistry
Химические программы
Рисование химических формул
Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.
- chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
- Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е
Планируется добавить:
- BKChem. Написана на python, есть небольшие изъяны.
Обработка экспериментальных данных
- Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
- gnuplot — классика, а значит стоит обратить внимание.
- grace — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.
Конвертирование форматов файлов
- openbabel — всё в одной программе.
Визуализация молекул
- Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus’е
- povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus’е
- gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus’е
- wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus’е
Планируется добавить:
- molden — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
- Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.
Структурный анализ
- Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е
Планируется добавить:
- Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
- Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
- Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.