GNU R
GNU R (пакет R-base)
(для 8-й платформы)
При установке пакета R-base устанавливается некоторое количество библиотек (см. результат выполнения функции library() в сеансе R).
Если требуются дополнительные библиотеки, то их нужно устанавливать с зеркал CRAN из исходных текстов.
Сборочные зависимости
Для обеспечения сборки библиотек, устанавливаемых из исходных текстов с зеркал CRAN, нужно убедиться, что в системе установлены следующие пакеты:
- R-devel
- liblapack
- liblapack-devel
- libopenblas
- libopenblas-devel
- libgfortran3
- libgfortran5-devel
- gcc-fortran-common
- gcc5-fortran
- libnlopt
- libnlopt-devel
- libnlopt-cxx
- libGL-devel
- libGLU-devel
Если что-то не установлено, нужно поставить с использованием apt-get install или менеджера пакетов.
В 64-разрядной системе, кроме того, нужно создать символическую ссылку на libX11.so.x.y (с именем libX11.so) в каталоге /usr/lib
В многопользовательской системе библиотеки R можно ставить для отдельного пользователя, а можно - общесистемно (для всех пользователей).
Общесистемная установка выполняется в сеансе пользователя root.
Общесистемная установка библиотек для R
Поскольку в операционных системах АЛЬТ root не может работать в графическом интерфейсе, то в сеансе пользователя нужно запустить терминал и перейти в сеанс root командой
$ su -
после чего ввести пароль для root'a.
Затем в сеансе пользователя root запускаем R:
# R
Перед установкой библиотек нужно сначала выбрать зеркало CRAN (используем текстовый режим):
> chooseCRANmirror(graphics=FALSE)
Показывается список зеркал. Можно выбрать любое близлежащее путем ввода соответствующего числа (номера). Если при попытке установки библиотек R с зеркал, поддерживающих протокол HTTPS, будут появляться ошибки, связанные с доступом к зеркалу, следует выбирать варианты, для которых нет указания [https] после имени зеркала.
После выбора зеркала дается команда на установку библиотеки. Для начала можно поставить библиотеку Rcmdr (R Commander), которая не только обеспечивает графический интерфейс для использования R, но и сопровождается дополнительными полезными библиотеками (в частности, библиотекой ggplot2).
> install.packages('Rcmdr')
После загрузки исходных текстов библиотек, компиляции и сборки (минут 40-60) получаем сведения о благополучном завершении процесса
.......
* DONE (Rcmdr)
Making 'packages.html' ... done
The downloaded source packages are in
‘/tmp/.private/root/RtmplHcEiJ/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
>
Далее можно посмотреть на изменения в наборе библиотек (см. результат выполнения функции library()).
Обеспечение DataMinig
Для задач машинного обучения и DataMinig может быть использована графическая оболочка rattle.
Чтобы она установилась (и работала) опытным путем выяснилось, что требуется выполнить установку дополнительных пакетов:
- apt-get install libgtk+2 libgtk+2-devel libgtk+2-locales
№ apt-get install libxml2 libxml2-devel xml-utils libxml++2 libxml++2-devel
Замечания и комментарии
Часть графических библиотек в R использует библиотеку rgl. С ней возможны проблемы.
Выход - не пользоваться такими графическими библиотеками (подробности - см. CRAN Task View: Graphic Displays & Dynamic Graphics & Graphic Devices & Visualization)