Химические программы

См. тж. соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.

Планируется добавить

molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.

Планируется добавить

Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.

Разное

GPeriodic — таблица Менделеева.
KAtomic (также в версии для KDE4 — образовательная программа на манер Sokoban.