SpecTips/doc

В спек-файле нельзя использовать конструкции

%doc <абсолютный-путь-в-%_docdir>

и

%doc <относительный-путь>

одновременно.

Это является особенностью (или ошибкой) реализации RPM: когда выполняется %doc второго вида, то каталог %_docdir сначала удаляется, потом заново создаётся, и в него копируются файлы, указанные в виде относительных путей.

Таким образом, при обработке

%build
touch Changes
%install
install -pD -m644 /dev/null %buildroot%_docdir/%name-%version/README
%files
%doc %_docdir/%name-%version
%doc Changes

Когда %doc Changes будет исполнен, то он затрёт README.