Chemistry: различия между версиями
| Строка 25: | Строка 25: | ||
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit gabedit]''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. | * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit gabedit]''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. | ||
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. | * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. | ||
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/molden molden'''] — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac. | |||
=== Планируется добавить === | === Планируется добавить === | ||
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации. | * [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации. | ||
Версия от 09:32, 13 февраля 2009
Химические программы
См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.
Рисование химических формул
Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.
- chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
- XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.
Планируется добавить
- BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.
Обработка экспериментальных данных
- Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
- gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
- grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа
Конвертирование форматов файлов
- openbabel — всё в одной программе.
Визуализация молекул
- RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
- povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
- gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
- wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.
- molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac.
Планируется добавить
- Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.
Структурный анализ
- Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
Планируется добавить
- Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
- Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
- Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.