Chemistry: различия между версиями
м (→Разное: katomic) |
м (→Химические программы: +sisyphus group link; readability fixes) |
||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
= Химические программы = | = Химические программы = | ||
См. тж. соответствующий раздел [http://sal.jyu.fi/Z/2/index.shtml Scientific Applications on Linux] и [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry]. | См. тж. соответствующий раздел [http://sal.jyu.fi/Z/2/index.shtml Scientific Applications on Linux] и [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry]; для присутствующих [http://www.sisyphus.ru/packages/Sciences/Chemistry в Sisyphus] пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ. | ||
== Рисование химических формул == | == Рисование химических формул == | ||
Замечательный обзор по этим | Замечательный обзор по этим программам приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь]. | ||
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool chemtool]''' — | * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool chemtool]''' — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа. | ||
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem XChemDraw]''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice. | * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem XChemDraw]''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice. | ||
Версия от 17:27, 10 февраля 2009
Химические программы
См. тж. соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.
Рисование химических формул
Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.
- chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
- XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.
Планируется добавить
- BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.
Обработка экспериментальных данных
- Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
- gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
- grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.
Конвертирование форматов файлов
- openbabel — всё в одной программе.
Визуализация молекул
- RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
- povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
- gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
- wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.
Планируется добавить
- molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
- Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.
Структурный анализ
- Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
Планируется добавить
- Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
- Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
- Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.