Chemistry

Химические программы

См. тж. соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

• chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа).
• XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

• BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

• Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
• gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
• grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

• openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

• RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
• povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
• gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
• wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.

Планируется добавить

• molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
• Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

• Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.

Планируется добавить

• Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
• Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
• Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.