Chemistry: различия между версиями

Версия от 11:47, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

BKChem. Написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
gnuplot — классика, а значит стоит обратить внимание.
grace — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus’е
povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus’е
gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus’е
wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

molden — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.

@@ Строка 1: / Строка 1: @@
 '''Химические программы'''
-=== Рисование химических формул ===
+== Рисование химических формул ==
 Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
@@ Строка 7: / Строка 7: @@
 * Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]
-''Планируется добавить'':
+=== Планируется добавить ===
 * [http://bkchem.zirael.org/index.html '''BKChem''']. Написана на python, есть небольшие изъяны.
-=== Обработка экспериментальных данных ===
+== Обработка экспериментальных данных ==
 * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
 * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит стоит обратить внимание.
 * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace '''grace'''] — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.
-=== Конвертирование форматов файлов ===
+== Конвертирование форматов файлов ==
 * [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel '''openbabel'''] — всё в одной программе.
-=== Визуализация молекул ===
+== Визуализация молекул ==
 * '''Rasmol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
 * '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
@@ Строка 25: / Строка 24: @@
 * '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]
-''Планируется добавить'':
+=== Планируется добавить ===
 * [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
 * [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.
-=== Структурный анализ ===
+== Структурный анализ ==
 * '''Platon''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]
-''Планируется добавить'':
+=== Планируется добавить ===
 * Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''], '''mergehkl''' — кристаллографу то что надо.
 * [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.