Chemistry

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведен здесь.

• chemtool (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus'е
• Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

• BKChem. Написана на python, есть небольшие изьяны.

Обработка экспериментальных данных

• Qtiplot - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
• gnuplot - классика, а значит стоит обратить внимание.
• grace - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

• openbabel - все в одной программе.

Визуализация молекул

• Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus'е
• povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus'е
• gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus'е
• wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

• molden - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей.
• Raster3D - презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный нализ

• Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

• Консольные spgr, sginfo, mergehkl - кристаллографу то что надо.
• Encifer и Mercury - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
• Olex2 - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.