Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
Строка 25: Строка 25:
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit gabedit]''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit gabedit]''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий.
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий.
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/molden molden'''] — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac.


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
 
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.



Версия от 09:32, 13 февраля 2009

Химические программы


См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

  • chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.
  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac.

Планируется добавить

  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.

Разное

  • GPeriodic — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
  • KAtomic (также в версии для KDE4 — образовательная программа на манер Sokoban