Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
м (→‎Разное: katomic)
м (→‎Химические программы: +sisyphus group link; readability fixes)
Строка 1: Строка 1:
= Химические программы =
= Химические программы =
См. тж. соответствующий раздел [http://sal.jyu.fi/Z/2/index.shtml Scientific Applications on Linux] и [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry].
См. тж. соответствующий раздел [http://sal.jyu.fi/Z/2/index.shtml Scientific Applications on Linux] и [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry]; для присутствующих [http://www.sisyphus.ru/packages/Sciences/Chemistry в Sisyphus] пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.


== Рисование химических формул ==
== Рисование химических формул ==
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
Замечательный обзор по этим программам приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].


* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool chemtool]''' — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа).
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool chemtool]''' — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem XChemDraw]''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice.
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem XChemDraw]''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice.



Версия от 17:27, 10 февраля 2009

Химические программы

См. тж. соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

  • chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то, что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.

Разное

  • GPeriodic — таблица Менделеева.
  • KAtomic (также в версии для KDE4 — образовательная программа на манер Sokoban.