Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
м (→‎Визуализация молекул: small readability fixes)
Строка 19: Строка 19:


== Визуализация молекул ==
== Визуализация молекул ==
* '''Rasmol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
* '''RasMol''' достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus]
* '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
* '''povray''' презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus]
* '''gabedit''' — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus’е]
* '''gabedit''' GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus]
* '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]
* '''wxmacmolplt''' визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus]


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] презентабельные растровые изображения для публикации.


== Структурный анализ ==
== Структурный анализ ==

Версия от 17:03, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.