Chemistry

Химические программы

---

См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

• chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
• xdrawchem — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

• BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

• Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin (доступно только в Pro-версии).
• gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
• grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа

Конвертирование форматов файлов

• openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

• RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
• povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
• gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое (p5).
• wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий (p5).
• molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac (2009/02/14).
• PyMOL - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул (надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти).
• Avogadro - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.

Планируется добавить

• Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

• Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
• ShelXle — Графический интерфейс к пакету SHELX-97, написанный с использованием Qt4.

Планируется добавить

• Консольные spgr, sginfo (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), mergehkl — кристаллографу то, что надо.
• Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
• Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия cctbx, который не поддаётся правильной упаковке в rpm.

Разное

• GPeriodic — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
• KAtomic (также в версии для KDE4) — образовательная программа на манер Sokoban
• GROMACS — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. GUI для GROMACS, а также Моделирование в GROMACS (практическое руководство)
• xmolwt — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для ALT Linux взят здесь)
• MMCalc — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)