Chemistry: различия между версиями

Версия от 15:18, 26 февраля 2014

Химические программы

См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin (доступно только в Pro-версии).
gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа

Конвертирование форматов файлов

openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.
molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac.
PyMOL - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул (надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти).
Avogadro - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.

Планируется добавить

Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
ShelXle — Графический интерфейс к пакету SHELX-97, написанный с использованием Qt4.

Планируется добавить

Консольные spgr, sginfo (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), mergehkl — кристаллографу то, что надо.
Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия cctbx, который не поддаётся правильной упаковке в rpm.

Разное

GPeriodic — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
KAtomic (также в версии для KDE4) — образовательная программа на манер Sokoban
GROMACS — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. GUI для GROMACS, а также Моделирование в GROMACS (практическое руководство)
xmolwt — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для AltLinux можно взять тут)
MMCalc — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)

@@ Строка 26: / Строка 26: @@
 * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий.
 * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/molden molden'''] — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac.
-* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/pymol PyMOL]''' - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул ''(надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти)''.
+* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/pymol PyMOL]''' - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул ''(надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти)''.
-* '''[http://www.sisyphus.ru/ru/srpm/Sisyphus/avogadro Avogadro]''' - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.
+* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/avogadro Avogadro]''' - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.
 === Планируется добавить ===
@@ Строка 34: / Строка 34: @@
 == Структурный анализ ==
-* ''' [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Platon]''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
+* ''' [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/platon Platon]''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
 * ''' [http://ewald.ac.chemie.uni-goettingen.de/shelx/ ShelXle]''' — Графический интерфейс к пакету '''[http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ SHELX-97]''', написанный с использованием Qt4.
@@ Строка 43: / Строка 43: @@
 == Разное ==
-* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gperiodic GPeriodic]''' — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
+* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gperiodic GPeriodic]''' — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
 * '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/kdegames-katomic KAtomic]''' (также в версии [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/kde4games-katomic для KDE4]) — образовательная программа на манер Sokoban
-* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gromacs GROMACS]''' — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gromacs-gui GUI для GROMACS]''', а также [http://aleks37.blogspot.com/2010/11/gromacs.html Моделирование в GROMACS (практическое руководство)]
+* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gromacs GROMACS]''' — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gromacs-gui GUI для GROMACS]''', а также [http://aleks37.blogspot.com/2010/11/gromacs.html Моделирование в GROMACS (практическое руководство)]
 * '''[http://www.st.hirosaki-u.ac.jp/~rmiya/xmolwt/xmolwt-e.html xmolwt]''' — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для AltLinux можно взять [http://www.ogion76.name/home/rpms тут])
-* '''[http://www.sisyphus.ru/ru/srpm/Sisyphus/mmcalc MMCalc]''' — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)
+* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/mmcalc MMCalc]''' — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)
 [[Категория:Пользователю]]
 [[Категория:Специализированный софт]]