Обсуждение:CreateMdRAID1onLiveSystem

Фактически, выполняется перенос системы на новый диск. При этом нет необходимости строго копировать имеющуюся таблицу разделов; напротив, можно переразбить диск как угодно, исходя из текущих потребностей. Например, новый диск может оказаться меньше старого. Или какой-то из имеющихся разделов оказался недостаточно большим в процессе эксплуатации. А вот то, что получилось, потом можно будет отзеркалить обратно с помощью sfdisk.
/etc/mdadm.conf похоже, влияет только на имена /dev/md*. При отсутствии ARRAY= ядро присваивает циферки произвольно, начиная со 127 в убывающем порядке. Чтобы зафиксировать желаемое, вероятно следует исправить mdadm.conf сразу после создания RAID-устройств, еще в исходной системе, с помощью mdadm --examine --scan >> /etc/mdadm.conf. При копировании файлов этот конфиг попадет и в новую систему.
Запуск mkinitrd или make-initrd спокойнее отложить до chroot в новый корень, где так же правятся fstab и конфиг загрузчика. Это позволит сохранить старую систему нетронутой.
Конфиг загрузчика: новый корневой раздел только-что отформатирован, у него сменился как UUID, так и имя устройства. В конфигурации загрузчика вероятно следует это отразить; в случае с lilo.conf кроме указанных исправляются все строки root=... на root="/dev/md1" (или "UUID=...").
После перезагрузки в degraded RAID, если с учетом пункта 1 требуется выполнить переразбивку и старого диска, сначала применяем sfdisk как указано в начале статьи, а уже потом добавляем новые разделы в RAID и всё такое.